Cześć, Nextflow¶
Cześć! Jesteś na dobrej drodze, żeby zacząć pisać odtwarzalne i skalowalne workflowy naukowe przy pomocy Nextflowa.
Wraz z rozwojem big data coraz częściej potrzebujemy możliwości analizowania dużych zbiorów danych w przenośny i odtwarzalny sposób. Paralelizacja i przetwarzanie rozproszone to najlepsze rozwiązania tego problemu, jednak istniejące narzędzia używane przez naukowców obliczeniowych często nie wspierają tych technik lub opierają się na modelu, który nie spełnia potrzeb projektów naukowych. Nextflow powstał właśnie po to, żeby sprostać temu wyzwaniu.
W tym programie treningowym nauczysz się podstaw Nextflowa wykonując serię praktycznych warsztatów.
Zaczynajmy! Kliknij link "Otwórz w GitHub Codespaces" poniżej, aby uruchomić środowisko treningowe (najlepiej na nowej karcie). Możesz czytać dalej podczas ładowania środowiska.
Śledź lekcje z nagraniami
W każdym rozdziale kursu Cześć, Nextflow znajdziesz film instruktażowy. Wideo znajduje się na górze strony.
Możesz także obejrzeć całą playlistę na kanale YouTube Nextflow.
Cele kursu¶
Podczas tego kursu nauczysz się podstawowych koncepcji wymaganych do tworzenia pipeline'ów.
Na koniec kursu będziesz potrafił:
- Opisać i wykorzystać główne komponenty Nextflowa, wystarczające do stworzenia prostego workflowa złożonego z kilku kroków
- Opisać bardziej zaawansowane pojęcia, takie jak opertory i fabryki kanałów
- Uruchomić workflow Nextflowa w środowisku lokalnym
- Przeglądać i interpretować dane wyjściowe (wyniki) i logi generowane przez Nextflowa
- Rozwiązywać proste problemy
Grupa docelowa i wymagania¶
Niniejszy kurs jest przeznaczony dla osób, które jeszcze nie znają Nextflowa. Zakładamy podstawową zanjomość wiersza poleceń i popularnych formatów plików.
Wymagania
- Konto na GitHubie LUB lokalna instalacja opisana tutaj
- Znajomość wiersza poleceń Unixa i podstaw pisania skryptów